Dada la alta diversidad de actividades agropecuarias en el país existe una gran cantidad de oferta en producción que permite el sostenimiento de una amplia cantidad de productos y actividades económicas relacionadas con el sector agropecuario. Dentro de este entorno se encuentran los cultivos promisorios como aquellos que tienen mayor potencial de adaptación al cambio climático y desarrollar una alimentación más saludable y nutritiva.

Esta área de trabajo esta orientada a aquella investigación básica para la producción primaria sostenible y una agricultura eficiente. Igualmente, a aquellos aspectos que garantizan la nutrición saludable desde todas sus aproximaciones, incluyendo la complejidad de los sistemas alimenticios, su eficiencia y sostenibilidad

La competitividad y productividad de los sistemas productivos agropecuarios y la capacidad de adopción y apropiación de nuevas tecnologías que favorezcan la innovación son elementos críticos en la funcionalidad de los sistemas agroalimentarios. 

Este eje temático se orienta a proporcionar soluciones adaptables a las condiciones productivas del país que permitan incrementar la productividad de los agroecosistemas, sobre la base de una agricultura resiliente adaptada al clima, regenerativa y competitiva y con capacidad de acceso a mercados

La correcta operación de los sistemas agroalimentario depende en buena medida de los entornos en los que estos se desarrollan.

En materia ambientes los sistemas agroalimentarios requieren y se relacionan fuertemente con los ecosistemas, los cuales prestan un conjunto de servicios clave como son los servicios de regulación como la calidad del agua, la regulación del clima, el control de la erosión, el control de enfermedades y la purificación del agua. Por su parte, los servicios de soporte se relacionan con los procesos ecológicos necesarios para el sostenimiento de los demás servicios como son la formación del suelo, el hábitat para las especies, el ciclo de nutrientes y la producción de alimentos.

Las condiciones de las comunidades y sus territorios son factores determinantes en el desempeño de los sistemas agroalimentarios. Elementos clave como son el nivel de educación, la localización geográfica y niveles de aglomeración y conectividad de estas comunidades inciden en los patrones de consumo de alimentos. La prácticas y costumbres culturales, la composición demográfica de la población son elementos que afectan el tipo de alimentos y la forma como se consumen.

Por lo tanto, este eje temático se orienta a proporcionar un mejor y mayor entendimiento de este tipo de relaciones desde diversas disciplinas del conocimiento. Este mayor entendimiento debe ser la base para políticas e instrumentos que apunten a los logros de la Agenda 2030 y Objetivos de Desarrollo Sostenible que tienen una expresión en los entornos rurales.

Los sistemas agroalimentarios se desenvuelven en espacios y ambientes en donde persisten un conjunto de instituciones que determinan su gobernanza. La gobernanza de los sistemas agroalimentarios entonces se puede entender como el proceso de relacionamiento e interacción de los diversos actores del sistema en el marco de las instituciones formales e informales que los determinan.  Este eje se orienta a entender estas relaciones y la importancia que tiene en el desempeño de los sistemas agroalimentarios en aspectos claves como la tenencia de la tierra, el desempeño de los mercados y las interacciones urbano rurales.